Činnosť Projektového strediska STU (PS STU), ako centrálne financovanej súčasti STU, je finančnými vzťahmi napojená na rozpočet Rektorátu STU.
Ďalšími zdrojmi financovania činnosti strediska okrem prostriedkov z STU, sú v závislosti od spôsobu financovania a miery spolufinancovania schváleného v Zmluve o NFP/partnerstve aj z príspevku ERDF/ESF a štátneho rozpočtu.